Wegen seiner besonders günstigen Lage und des außerordentlich milden Klimas wurde diese Gegend schon in der Steinzeit besiedelt.
Trogir entstand auf einer kleinen Insel in der Meerenge zwischen dem Festland und der Insel Čiovo. Archäologische Ausgrabungen brachten Funde zutage, welche 2000 Jahre v. Chr. zurückreichen. Ende des 3. Jh. und Anfang des 2. Jh. v. Chr. gründeten Griechen von der Kolonie Issa (die heutige Insel Vis) hier ein wichtiges Emporium (Handelsniederlassung) unter dem Namen Tragurion. Während der römischen Herrschaft entwickelte sich Trogir (jetzt Tragurium genannt) im Schatten von Salona, der römischen Provinzhauptstadt Dalmatien.
Der Kaiser Claudius siedelte im 1. Jh. seine ausgedienten Soldaten (Veteranen) in Siculi, heute Resnik (zwischen Trogir und Kaštela) an. Auch Plinius d. Ä. erwähnt das «nach seinem Stein bekannte» Traguriumin seinem Werk «Naturalis Historia“.
Im 7 Jh. zerstörten awarische und slawische Stämme die meisten Städte in Dalmatien. Trogir gehörte jedoch zu den wenigen, die verschont blieben. Nach der Zerstörung von Salona entwickelt sich das Städtchen zu einer eigenständigen «Civitas» (Stadt). In den folgenden Jahrhunderten ist Trogir unter dem Einfluss verschiedener Herrscher und Mächte. Darunter Byzantiner, Kroaten und Ungarn.
Anfang des 12.Jh. geht der kroatische Adel eine Personalunion (Pacta conventa) mit dem Königreich Ungarn ein und der ungarische König Koloman (Dynastie der Árpáden) wird auch König von Kroatien. In der friedlichen Machtübernahme spielte der Trogirer Bischof Ivan (Johannes von Trogir) eine sehr wichtige Rolle. Deswegen (und wegen vieler Wunder die mit ihm in Verbindung gebracht werden) wurde er seliggesprochen und wird bis heute als Schutzpatron der Stadt verehrt.
Anfang des 13. Jh. wurde mit dem Bau der Kathedrale des hl. Laurentius begonnen. Das Portal vom Meister Radovan stammt aus dem Jahr 1240 und gehört zu den Meisterwerken romanischer Skulptur Europas.
1242, während des Angriffs der Tataren, suchte der kroatisch-ungarische König Bella IV Zuflucht in der Stadt.
1420 kommt Trogir unter die Herrschaft Venedigs und verbleibt unter dieser bis zum Ende des 18. Jh. Wegen schwerer Zerstörung durch den Angriff der Venezianer, muss die Stadt z. T. wiederaufgebaut werden.
Anfang des 19. Jh. Beginnt die Herrschaft der Österreicher und geht bis zum Ende des 1. Weltkriegs. Seitdem ist Trogir wieder ein Teil Dalmatiens und Kroatiens. Wegen all ihrer, sehr gut erhaltener, Baudenkmäler zählt die gesamte Altstadt von Trogir seit 1997 zum Weltkulturerbe der UNESCO.