Die Wohnräume im südlichen Viertel des Palastes sind sehr schlecht erhalten. Was erhalten geblieben ist, ist nicht einmal annähernd genug, um die ursprüngliche Architektur zu erkennen. Unterhalb der ehemaligen Räume des Kaisers befindet sich aber ein perfekt erhaltenes Erdgeschoss, das als "Keller" bekannt ist, welches in Aufteilung und Form eine Projektion des zerstörten Obergeschosses darstellt.
Um dem natürlichen Geländegefälle entgegenzuwirken, war es notwendig, den gesamten Bereich der kaiserlichen Gemächer, das heißt, das südliche Viertel des Palastes, mit einer starken Unterkonstruktion anzuheben, welche mit ihren Wänden, Säulen und Bögen die Last der oberen Stockwerke trug. Diese Konstruktionsweise schützte auch die Wohnung des Kaisers vor Feuchtigkeit. Allerdings reichen diese Erklärungen nicht aus den vollen Funktionsumfang der Keller zu beleuchten, weil der Zweck einiger gefundener Räume, nicht in diesen Rahmen passt.
Die erste Eingangshalle der Wohnräume - das Vestibül - hat eine runde Form und ist mit halbkreisförmigen Nischen versehen. Der zweite Saal, der sich einst nach Süden fortsetzte, war das sogenannte Tablinum. 
In der obersten Etage sind seine Wände nur in den Fundamenten erhalten, aber an der südlichen Wand steht noch der Türrahmen, der einst auf die Kaiserpromenade führte. Um die Last eines derartig großen Raums zu halten, ist die zentrale Halle mit acht Pylonen unterstützt, die die Quertonnengewölbe tragen.
Entlang der gesamten Südfassade erstreckte sich die Veranda (Kryptoportikus), aufgelöst durch Fassadenöffnungen. Alle Bereiche, die sich zu beiden Seiten fortsetzen, sind völlig unsymmetrisch verteilt.
Im letzten Viertel im westlichen Bereich befindet sich eine Gruppe von kleineren Räumen überwiegend mit sehr unterschiedlichen Grundrissen und Gewölben. Über die Funktion der gesamten Hallengruppe gibt es leider keine verlässlichen Daten. Könnte es sein, dass es sich um einen Platz für Zeremonien handelte, vielleicht für Initiationsriten?
Die beiden größeren Hallen in der Mitte des westlichen Bereiches der Wohnung sind, vermutlich, repräsentative Empfangsbereiche der Palastanlage. Die Form, durch welche sich diese Räume und auch die Unterkonstruktion von den anderen Räumen abheben, scheint dieses zu beweisen. Aufgrund der Größe können wir vermuten, dass sich der Haupt Empfangssaal des Diokletianpalastes, der einem Thronsaal glich, über dem erdgeschössigen dreischiffigen Raum befunden hatte. Dies wird durch den Vergleich mit Sälen basilikaler Form in Piazza Armerina, Konstantinopel und Trier unterstützt.
Die zweite Halle, etwas kürzer sowie schmaler als die große Halle, gehörte vermutlich auch zum gleichen Empfangskomplex und diente einem besonderen Zweck innerhalb des Hofzeremoniells.
Der westliche Erdgeschoss-Bereich umfasst drei sehr schmale Korridore, deren Funktion nicht völlig klar ist.
So wie die große Basilika-Halle den westlichen Bereich dominiert so dominiert auf der anderen Seite eine große zentrale Halle den östlichen Bereich. Sie hat im Erdgeschoss einen kreuzförmigen und in der oberen Etage einen achteckigen Grundriss mit Nischen. Es ist sehr wahrscheinlich, dass diese Gruppe von Gebäuden das Esszimmer (Triclinium) der kaiserlichen Wohnungen darstellt. Analogien mit ähnlichen Gebäudeformen, wie z. B. die kleeblattförmige Halle der Villa Piazza Armerina, weisen darauf hin.
Der östlichste Teil des Erdgeschosses ist immer noch verschüttet und hier geht die Forschung immer noch weiter.