An der Westseite vom Peristyl umschloss eine Begrenzungswand einen Bereich, in welchem drei Tempel standen.
Der Wichtigste unter ihnen war der Tempel Jupiters, Diocletians göttlichem Vater gewidmet. Erbaut wurde er auf einem hohen Sockel, über einer unterirdischen Krypta, und bestand aus einem geschlossenen Bereich (Cella) und einem Vorraum (Pronaos) mit sechs Säulen. Ein Kranz ähnlich dem auf dem Peristyl verläuft unter dem Dach und auf dem Giebel der Nordfassade. Zwei große gebogene Konsolen tragen die Oberschwelle, geschmückt mit einer Serie von kleinen figürlichen Konsolen, welche eine besondere symbolische Bedeutung haben. Es reihen sich Darstellungen von Riesen, Symbole und Köpfe von Jupiter und Hercules aneinander, während an prominenter Stelle die Figur des Sonnengottes gezeigt wird
Wahrscheinlich gleichzeitig mit der Umwandlung des Diokletianmausoleums in die Kathedrale, wurde dieser Tempel, in der westlichen Achse des Mausoleums gelegen, in eine Taufkapelle umgewandelt.
Im 12.-13. Jh. wurde im Inneren des Tempels ein Taufbecken aus Platten der Chorbegrenzung zusammensetzt welche in der zweiten Hälfte des 11. Jh. aus der Kathedrale entfernt wurden.
Auf einer der Platten des Taufbeckens ist eine Reliefdarstellung des kroatischen Königs Petar Kresimir IV. (1058-1074), die früheste Darstellung eines europäischen Herrscher auf einer mittelalterlichen Steinskulptur.
Die Taufkapelle erhielt im 11. Jh., einen Glockenturm über dem Tonnengewölbe, welcher im 19. Jahrhundert entfernt wurde.
Das Kassettengewölbe des Tempels hat mit seiner Form die dalmatinische Architektur der frühen Renaissance beeinflusst. Das belegt das Baptisterium des Meisters Aleši in Trogir (1450 - 1467.) und die Kapelle des seligen Johannes (Ivan) in der Kathedrale von Trogir, ein Werk des Meisters Nikolaus aus Florenz (von 1468).
In der Taufkapelle stehen auch zwei Sarkophage, der des Erzbischofs Ivan (Johannes) (manche meinen es handelt sich um Johannes von Ravenna, eher handelt es sich aber um den Bischof Johanns II (914-928 aus der Zeit von König Tomislav) und Lovre (Laurentius) Dalmatinac (1059-1099), sowie eine Bronzestatue vom hl. Johnnes dem Täufer eine Arbeit von Ivan Mestrović (20. Jh.).